Фамилия Покорницкая — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. В её основе лежит не глагол «покорять» и не прилагательное «покорный», а топоним Покорное или Покорна. Такие названия встречаются в западнославянских и украинских землях, особенно на Волыни и в Галиции. Житель села Покорное получал прозвание Покорный, а его жена или дочь — Покорная. Суффикс -ицк- в женском варианте указывает на принадлежность к роду: Покорницкая буквально значит «из семьи Покорных» или «женщина из Покорного».

Написание через «и» (Покорницкая, а не Покорнецкая) — типично для восточнославянской адаптации польских фамилий на -icki/-ska. В польском языке исходная форма звучала бы как Pokornicka, и при переходе в русскую традицию «и» сохранилось. Это косвенно указывает на то, что фамилия оформилась в среде, где польское влияние было сильным: на Правобережной Украине, в Беларуси или среди шляхты, которая перешла в православие.

Сам топоним Покорное, скорее всего, происходит от слова «покора» — в старом значении «смирение», «покорность». Но не исключено, что название дали по первому поселенцу с прозвищем Покора, то есть человеку смирного нрава. В любом случае, носительница фамилии Покорницкая — потомок либо крестьянина из села с таким именем, либо мелкого шляхтича, владевшего землёй в окрестностях Покорного.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Покорницкая сохраняет редкую суффиксальную модель, которая почти не встречается у русских крестьян центральных губерний. Это надёжный маркер западного происхождения — скорее всего, из исторической Волыни или Подолья.