Фамилия Покорский — типичный пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ский. В славянском мире этот суффикс чаще всего указывал на дворянское или шляхетское происхождение, но со временем такие фамилии распространились и среди других сословий. Основа фамилии — топоним Покоры, Покорск или Покорье. Такие названия встречаются в Польше, Чехии, Словакии и на западе Украины. Например, в Польше есть населённые пункты Покоры (Pokory) и Покоже (Pokorze). Человек, переехавший из такого места, получал прозвание Покорский — то есть «тот, кто из Покор».

Слово «покора» в польском и чешском языках означает «смирение», «покорность». В старопольском языке pokora имела также значение «покаяние» или «унижение». Поэтому переносное значение фамилии могло быть связано с прозвищем смиренного, кроткого человека. Однако в ономастике более надёжной считается версия происхождения от названия места, а не от черты характера: суффикс -ский в большинстве случаев прикреплялся именно к топонимам, а не к личным качествам.

В Российской империи фамилия Покорский встречалась в основном среди польской шляхты и духовенства. В XIX веке её носители фиксировались в Волынской, Подольской и Киевской губерниях. Встречается и вариант написания Покорский с ударением на втором слоге — Покорский, что характерно для украинского и польского произношения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Покорный, Покорнев, Покоренко — показывает, что Покорский стоит особняком: у него прозрачная «географическая» модель, тогда как остальные образованы напрямую от прилагательного или прозвища. Это важное различие: если Покорный мог быть просто «смирным» человеком, то Покорский почти наверняка указывает на место выхода предка.