Фамилия Полодухин — редкая и на первый взгляд неочевидная по значению. В ней слышится что-то «половинчатое», но корень не от слова «половина». Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Полодух. Так могли прозвать человека, а затем и назвать его потомков.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «полодух» или «полодушка». В говорах русского Севера и Сибири так называли подушку, набитую не пером, а половой — мякиной, отходами от обмолота зерна. Полодушка была грубой, жёсткой, и прозвище Полодух мог получить либо бедный человек, спящий на такой подушке, либо мастер, который их делал. Прозвища по предметам быта — обычное дело для русских фамилий, и это объяснение выглядит правдоподобнее, чем попытки связать фамилию с «полудой» (оловянным покрытием) или с искажённым именем Полидор.

Менее убедительна версия о происхождении от слова «полудохлый» — ослабленный, полуживой. Такое прозвище было бы оскорбительным и вряд ли закрепилось в качестве фамилии, хотя полностью исключать его нельзя: в истории встречались и нелестные прозвища, которые со временем теряли негативный оттенок.

Суффикс -ин в фамилии Полодухин указывает на то, что она образована в северных и центральных регионах России, где была распространена эта модель (в отличие от южных -ов/-ев). Фамилия не относится к дворянским или разночинским — скорее всего, её носили крестьяне или ремесленники. Встречается она в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что косвенно подтверждает «северную» версию с полодушкой. Известных носителей с громкой исторической биографией нет, что типично для фамилий, образованных от прозвищ по ремеслу или бытовой детали.