Фамилия Полуфакина — женская форма мужской фамилии Полуфакин. В русской ономастике это сравнительно редкий случай, когда основа фамилии образована не от имени или профессии, а от прозвища, которое могло описывать как внешность, так и характер человека.

Корень «полу-» в русских фамилиях часто указывает на неполноту или усечённость признака: Полубояринов, Полунин, Полуэктов. В паре с «фака» (от глагола «факать» — в диалектах означало «хвастать», «бахвалиться», «лгать» или «говорить вздор») прозвище Полуфака могло получить человек, который говорил неправду наполовину, привирал в мелочах, но не был отъявленным лжецом. В некоторых говорах «фака» также связывали с нелепым, смешным поведением — отсюда прозвище для человека, который постоянно попадает в неловкие ситуации.

Суффикс «-ин» типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Такая модель указывает на принадлежность: «чей?» — Полуфакин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Полуфака. Встречается эта фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где диалектная лексика сохранилась лучше, чем на юге. В документах XIX — начала XX века Полуфакины фиксировались в основном среди крестьян и мещан, что подтверждает народное, бытовое происхождение прозвища.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «фак» (счастье, удача) и приставкой «полу-», что давало бы значение «полусчастливый». Однако это объяснение спорно, поскольку фамилия распространена в чисто русских регионах, где тюркские заимствования редки, а глагол «факать» в значении «врать» хорошо документирован в словаре В. И. Даля. Поэтому первая версия — от прозвища хвастуна или нелепого человека — считается основной.

В современном написании фамилия не менялась, но в старых метрических книгах можно встретить вариант «Полуфакина» с двойным «к» (Полуфаккина) — это следствие народного произношения, где звук «к» усиливался для выразительности. Сегодня фамилия остаётся редкой, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска — каждый документ с ней почти наверняка ведёт к общей семье.