Фамилия Полупаненко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели. Её основа — прозвище Полупан, к которому добавили типичный украинский суффикс -енко, указывающий на происхождение по отцу: «сын Полупана» или «потомок Полупана». Такая модель (прозвище + -енко) была особенно распространена в левобережной Украине, на Полтавщине и Черниговщине, а позже закрепилась как наследственная фамилия.

Ключевой элемент — само прозвище Полупан. Оно составное: первая часть «полу-» (половина), вторая — «пан» (господин, помещик, барин). Буквально «полупан» — человек, который занимает промежуточное положение в обществе: не простой крестьянин, но и не полноправный пан. В социальной иерархии Речи Посполитой и Гетманщины так могли называть мелких шляхтичей, зажиточных казаков или вольных хлеборобов, которые имели некоторую независимость и достаток, но не владели крепостными и не обладали всеми привилегиями шляхты. Прозвище могло быть и ироничным — насмешка над тем, кто «корчит из себя пана», но не дотягивает до настоящего господина.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с именем Поликарп (в народной форме Полукарп, где «полу» — результат стяжения). Но против неё говорит прозрачная семантика «полу-» + «пан» и обилие параллельных фамилий (Полупанов, Полупановский, Полупанец), которые прямо указывают на прозвищную природу. Украинский суффикс -енко окончательно закрепляет версию о происхождении из казацкой или крестьянской среды, где такие составные прозвища были обычным делом.

Фамилия распространена преимущественно в Украине, особенно в центральных и восточных областях, а также среди потомков украинских переселенцев в России и других странах бывшего СССР. Встречаемость её невысока, что говорит о локальном происхождении: вероятно, прозвище Полупан дали одному человеку или одной семье в конкретном селе, и уже от них пошла фамилия. Таким образом, Полупаненко — это не просто фамилия, а социальный маркер, застывшее указание на положение предка между крестьянством и шляхтой, между трудом и господством.