Фамилия Полупенко звучит так, будто её обладатель — наполовину кто-то другой. Но, конечно, это шутка. На деле корень здесь — не «половина», а украинское или южнорусское прозвище, связанное с пеной.

Слово «пена» в славянских говорах имело не только прямое значение (пузырьки на воде), но и переносное — о вспыльчивом, «пенящемся» человеке, который легко вскипает от гнева. Прозвище Полупа (или Полуп) могло означать «тот, кто наполовину в пене» — то есть человек с крутым нравом, но не доходящий до крайности. В украинском языке есть слово «полупа» — раковина, скорлупа, что даёт альтернативную версию: прозвище могли дать за твёрдость, закрытость или, наоборот, за «пустую скорлупу» — болтливого человека.

Суффикс -енко — типичный для украинских фамилий, означающий «сын» или «потомок». Полупенко — буквально «сын Полупы». Такая модель была особенно распространена в левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина) в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне массово обзаводились фамилиями по отцу.

Менее вероятно, но стоит упомянуть: в некоторых говорах «полупа» — это вид рыбы (уклейка или мелкий карась). Тогда прозвище могло закрепиться за рыбаком или за человеком с соответствующим обликом — юрким, мелким, скользким.

В написании фамилии нет разночтений: ударение, скорее всего, на второй слог — Полупе́нко. Родственных фамилий с тем же корнем мало: Полупа, Полупий, Полупов. Встречаемость фамилии невысокая, в основном на востоке Украины и в южных областях России, куда переселялись украинцы. Дворянских ветвей не зафиксировано — это фамилия крестьянская и казацкая, что подтверждает её прозвищное происхождение.