Фамилия Полубко звучит нестандартно для русского уха, и это не случайно. Её основа — не русское, а украинское или белорусское слово «полубок», которое в диалектах означало нечто половинчатое, ущербное или неполноценное. Скорее всего, прозвище Полубок давали человеку с физическим недостатком — например, без одного бока (ребра), с кривым боком или просто хромому, кособокому. Фамилия закрепилась в форме Полубко через характерный для украинской ономастики суффикс -к(о), который превращает прозвище в фамилию, как Дзюба — Дзюбко, Голова — Головко.

Суффикс -ко в украинских фамилиях выполняет ту же роль, что русский -ов/-ев: он указывает на принадлежность к роду. Полубко — буквально «сын или потомок Полубока». В русских переписях такие фамилии часто русифицировали, меняя окончание на -ов, но Полубко сохранило исходную форму, что говорит о позднем закреплении или о том, что носители не покидали западнорусских земель.

Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «полуба» — так в некоторых говорах называли короткую верхнюю одежду, типа полукафтанья. Тогда Полубко могло быть прозвищем портного или человека, носившего такую одежду. Но связь с «боком» надёжнее: в украинском языке слово «полубок» фиксируется в значении «кривобокий», и именно от него образован ряд фамилий вроде Полубояринова (от «полубоярин») — по той же модели «полу-» + часть тела или социальный статус.

Географически фамилия Полубко встречается в основном на Украине (особенно в Черниговской и Сумской областях) и в приграничных районах России (Брянская, Курская области). В центральной России она редка. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были крестьянами или казаками — прозвища такого типа редко давали дворянам.

В написании возможны варианты: Полубко, Полупко (с оглушением «б» перед «к») или даже Полибко — но последнее уже искажение. Если ваша фамилия именно Полубко, то корень её — в метком, нелестном, но бытовом прозвище, которое дали предку за внешнюю особенность. Ничего обидного в этом нет: многие фамилии пошли от «кривых», «косых» и «хромых» — люди не выбирали, как их назовут соседи.