Фамилия Полубабин — один из тех случаев, когда прозвище старше, чем кажется на первый взгляд. На слух она кажется составной: первая часть «полу-» часто указывает на что-то неполное, вторую часть «баба» — на женщину. Однако в русской ономастике прямое значение «полуженщина» или «наполовину баба» маловероятно для прозвища, которое давали мужчине. Скорее всего, перед нами не описательная, а отчественная модель: Полубаба — это исходное прозвище, а Полубабин — его сын, то есть «чей?» — Полубабы.

Корень «баба» в древнерусских прозвищах многозначен. Это могло быть ироничное прозвище женоподобного или слишком мягкого мужчины, но нередко «бабой» называли мужа, который находился под каблуком у жены. А вот первая часть «полу-» тут, скорее всего, не числительная, а часть имени: в старых русских говорах существовало личное имя Полубаба, образованное по той же модели, что Полуведра, Полукарп или Полуект — такие имена давали по церковному календарю, сокращая и перекраивая греческие формы. Имя Полубаба могло возникнуть от канонического Полиевкт или Поликарп, где первый слог «поли-» в народном произношении превратился в «полу-», а вторая часть переосмыслилась в знакомое слово «баба».

Версия с прозвищем от неполноты («полубаба» как человек с женскими чертами) тоже имеет право на существование, но она менее убедительна: такие прозвища обычно давали в насмешку и редко закреплялись как фамилии. Подтвердить её могло бы наличие параллельных фамилий вроде Полумужиков или Полубабкин, но они встречаются редко.

Фамилия Полубабин — сравнительно редкая. Встречается в центральных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, где активно бытовали прозвища с отчествами на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: Полубабин — потомок человека по прозвищу или имени Полубаба. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано.