Фамилия Полубабкин образована от прозвища Полубабка, которое восходит к украинскому диалектному нарицательному «полубабка», что в переводе на русский язык означает «деревянное покрытие улья». Можно предположить, что предок обладателя фамилии Полубабкин занимался пчеловодством. Согласно другой версии, прозвищем Полубабка нарекали ребенка, который воспитывался не только матерью, но и бабушкой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Полубабка, со временем получил фамилию Полубабкин.