Фамилия Полубенко напрямую связана с прозвищем Полуба, которое легло в её основу. Суффикс -енко указывает на украинское происхождение модели «сын Полубы», то есть буквально фамилию можно перевести как «ребёнок Полубы», и закрепилась она за потомками человека с таким прозвищем.

Сам корень прозвища имеет как минимум две версии происхождения, и обе связаны с ремеслом. Первая отсылает к диалектному слову «полубина», которое в пензенских говорах означало луб, то есть кору старой липы. Вторая версия ведёт к новгородскому глаголу «полубить» — снимать шкуру с животного. Если обобщить, то в обоих случаях прозвище Полуба относится к числу «профессиональных» именований: оно указывало на род занятий основателя рода.

Чем именно занимался первый Полуба, сказать сложно, но спектр возможных занятий очерчен довольно чётко. Он мог сдирать лыко с липы — кору, которую в старину массово использовали для плетения лаптей, коробов и кузовков. Либо он работал с берестой, изготавливая из неё утварь. Не исключён и вариант, что он был кожевенником, если верна новгородская версия о снятии шкур. В любом случае, это было практическое, бытовое прозвище, которое закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, вытеснив или дополнив крестильное имя.

Интересно, что фамилия Полубенко сочетает в себе северный или среднерусский диалектный корень с украинским патронимическим суффиксом. Такое сочетание встречается нередко: прозвище могли принести на украинские земли переселенцы, или же оно возникло на стыке говоров, где смешались разные языковые традиции. Сама фамилия довольно редкая, и в этом её особенность: она не разошлась по стране широко, а осталась локальной, что делает её хорошим маркером для тех, кто ищет свои корни.