Фамилия Полубенко образована от прозвища Полуба. По одной из версий, оно ведет свое начало от диалектного нарицательного «полубина», которое в пензенских говорах имеет значение «луб, кора старой липы». Согласно еще одной гипотезе, прозвище Полуба восходит к глаголу «полубить», который в новгородских говорах имел значение «снимать шкуру с животного». В любом случае, прозвище Полуба, скорее всего, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься сдиранием лыка - коры липы, которую в старину использовали для изготовления лаптей, коробов, кузовков, изготовлением различных изделий из бересты, коры или быть кожевенником. Так и прозвище Полуба закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Полубенко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Полуба, со временем получил фамилию Полубенко.