Фамилия Полубенкова — женская форма от Полубенков, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Полубен, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «сын Полубена». Но что значит само слово «полубен»? Прямого значения в современном языке нет, поэтому приходится реконструировать.

Скорее всего, в основе лежит прилагательное «полубеный» или «полубенной». В диалектах русского севера и Поволжья «полубенный» означало «сделанный наполовину», «недоделанный», а иногда — «половинчатый» по цвету или качеству. Прозвище Полубен могли дать человеку с каким-то заметным недостатком (например, кривому, хромому или тому, кто носил одежду из плохо выделанной кожи — «полубени»). Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «полуба» — так в некоторых говорах называли короткую верхнюю одежду, вроде полукафтанья. Тогда Полубен — это портной, шивший такую одежду, или человек, который её постоянно носил.

Суффикс -ен- в основе встречается реже, чем типичные -ин- или -ов-, что делает фамилию менее распространённой. Географически Полубенковы чаще всего встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — то есть в зоне бытования северных говоров, где слово «полубенный» было в ходу. В центральных и южных регионах России эта фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её диалектное происхождение.

Сословно предки Полубенковых могли быть как крестьянами, так и ремесленниками — прозвище не несёт дворянского оттенка. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия встречается среди государственных крестьян и мещан северных уездов. Таким образом, Полубенкова — не просто фамилия от имени, а живое свидетельство того, как диалектное слово, описывающее внешность или занятие, закрепилось за родом и дошло до наших дней.