Фамилия Полубенников — одна из тех, где не сразу угадаешь корень. На первый взгляд кажется, что в основе лежит что-то связанное с «полубой» или «полубенный», но это обманчивое впечатление. На самом деле ключ к разгадке — диалектное слово «полубень», которое в русских говорах означало «полубочка», то есть кадка, бочонок, разрезанный пополам, или просто небольшая деревянная ёмкость для хранения сыпучих продуктов и солений.

От этого «полубня» и пошло прозвище Полубенник — так могли назвать бондаря, мастера по изготовлению бочек и кадок, или же человека, который торговал такой утварью. Суффикс -ник указывает на лицо по роду занятий (сравните: плотник, печник, сапожник). А конечный -ов превратил прозвище в фамилию, отвечая на вопрос «чей сын?» — сын Полубенника, то есть Полубенников.

Интересно, что в некоторых регионах «полубенем» называли не только бочонок, но и неуклюжего, неповоротливого человека — по ассоциации с тяжелой, громоздкой вещью. Поэтому нельзя полностью исключать, что фамилия образована от прозвища по характеру или внешности, хотя версия с ремеслом выглядит убедительнее: бондарное дело было повсеместным и дало множество фамилий (Бондарев, Кадашников, Бочкарёв), и Полубенников встаёт в тот же ряд.

Фамилия довольно редкая и, судя по расселению, тяготеет к центральным и северным областям России, где бондарный промысел был особенно развит. Встречаются варианты написания с одним «н» — Полубеников, но это, скорее всего, результат упрощения на письме, а не иная основа. Таким образом, предки Полубенниковых с высокой вероятностью были мастерами-бондарями, делавшими нужную в каждом крестьянском хозяйстве деревянную посуду.