Фамилия Полубенин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с ростом или телосложением человека. В её основе лежит слово «полубеня» — так в русских говорах, особенно северных и сибирских, называли человека маленького роста, низкорослого, «полуростка». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Полубенин — сын Полубени. Модель образования простая и типичная для деревенских прозвищных фамилий: сначала человека дразнили Полубеней («маленький, недоросль»), а его дети уже становились Полубениными.

Слово «беня» само по себе в диалектах означало «небольшой, короткий» — отсюда и «полубеня» буквально «наполовину короткий». В этом же ряду стоят фамилии Бенин, Беняков, а также более прозрачные Малыш, Малыхин, Коротаев. Но Полубенин выделяется тем, что приставка «полу-» в русских прозвищах встречается нечасто: она подчёркивает не просто малый рост, а ущербность, неполноту — человека, который «не дорос», «не вышел» в сравнении с обычным. Прозвище могло быть незлым, бытовым — так на селе фиксировали внешность без особой издёвки.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. В переписях и метрических книгах XIX века Полубенины чаще всего встречаются в Вятской губернии и на Урале — в Пермской, а позже и в Тобольской губерниях. Это согласуется с диалектной природой корня: «беня» и «полубеня» — слова именно севернорусского наречия, а не южного или западного. Вероятно, предки носителей фамилии были государственными или заводскими крестьянами — в тех краях преобладало именно такое сословие.

Есть и другая, менее вероятная версия: что «Полубенин» — искажённое «Полубенский» или образованное от названия села Полубенье (гипотетического). Но никаких реальных топонимов с таким корнем в доступных источниках не зафиксировано, а суффикс -ин вместо -ский указывает на прозвищное, а не географическое происхождение. Поэтому версия с ростом — основная и наиболее обоснованная.

Фамилия редкая: в современной России её носителей — буквально несколько сотен человек, в основном в Кировской области, Пермском крае и на Урале. Встретить Полубенина в Москве или на юге страны — большая редкость, что только подтверждает её узкую диалектную природу.