Фамилия Полубнев — одна из тех, где корень на первый взгляд кажется прозрачным, но при ближайшем рассмотрении ставит в тупик. Самая очевидная версия — связь с глаголом «полубнеть», то есть «полуобеднеть», «оскудеть наполовину». В старых говорах «полубный» могло означать «бедноватый», «небогатый». Тогда прозвище Полубень или Полубня давали человеку, который жил скромно, но не впал в крайнюю нищету. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Полубнев — сын Полубня.

Однако есть и менее очевидный путь. В некоторых диалектах «полубень» — это не бедняк, а, наоборот, человек, который «пол-уба» (пол-убыли) не знает, то есть удачливый, у которого дела идут в гору. Но эта версия слабее: она требует сложной логической цепочки и не подтверждается устойчивыми фольклорными параллелями. Правдоподобнее всё же первая, социально-бытовая трактовка.

Словообразовательная модель фамилии — типичная для русских отпрозвищных фамилий. Основа на мягкий согласный (-нь, -бнь) даёт суффикс -ев, а не -ов. Такой же путь прошли фамилии Злобин (от Злоба), Горев (от Горе), но здесь в основе не имя, а характеристика достатка. Интересно, что фамилия редкая: она почти не встречается за пределами нескольких областей центральной России и южного Урала, где фиксировались переселенцы из Рязанской и Тамбовской губерний.

Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении Полубневых нет. Скорее всего, предки — крестьяне или мещане, получившие фамилию при переписях XVIII–XIX веков по уличному прозвищу. В списках однодворцев и государственных крестьян такие «говорящие» фамилии не редкость: они прямо указывали на имущественное положение или черту характера человека.