Фамилия Полупопов — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, практически не требует расшифровки. «Полу-поп» — это не «наполовину священник» в прямом смысле, а, скорее всего, человек, который помогал при церкви, но не имел полного сана. Речь идёт о дьячке, пономаре или псаломщике — низших церковнослужителях, которые не проходили рукоположение, но выполняли часть обязанностей священника. В народном сознании их называли «полупопами», закрепив за ними этот полуофициальный статус.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище Полупоп + патронимический суффикс -ов. Это буквально «сын Полупопа». Интересно, что фамилия нередко встречается в документах XVII–XVIII веков, особенно в северных и центральных губерниях России, где церковные приходы были небогаты и штат клира был минимален. Там должность «полупопа» была особенно распространена — один священник физически не успевал обслуживать все требы, и ему требовался помощник без сана.

В отличие от фамилий типа Попов, которые могли дать и потомкам священников, и крестьянам, работавшим на церковной земле, Полупопов почти всегда указывает на конкретное социальное положение предка. Это не обидное прозвище, а скорее бытовое, профессиональное уточнение. В некоторых говорах слово «полупоп» имело ироничный оттенок, но в качестве фамилии оно закрепилось нейтрально, как указание на род занятий.

Стоит отметить, что фамилия редкая. Встречается она в основном в центральной России и на Урале, но нигде не образует крупных гнёзд. Сравнение с однокоренными фамилиями (Попов, Попович, Поповский) показывает, что Полупопов стоит особняком — это «младший брат» в иерархии церковных фамилий, указывающий на более скромное, но всё же связанное с церковью происхождение.