Фамилия Полыпенко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в Украине, исторически означал «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Полыпенко — это «сын Полыпы» или «потомок Полыпы».

Основа фамилии — Полыпа — почти наверняка является народной, разговорной формой канонического крестильного имени Ипполит. В русском и украинском языках имя Ипполит нередко сокращалось до Полит, а в диалектах, где «ы» произносится на месте безударного «и», возникало Полыт, Полыпа. Имя Ипполит греческого происхождения, означает «распрягающий коней» и связано с древнегреческим мифом об Ипполите, сыне Тесея. В православных святцах это имя встречалось, но широкого хождения в народе не имело, поэтому его уменьшительные формы как раз и давали редкие, но узнаваемые фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с прозвищем Полыпа от диалектного глагола «полыпать» — хлопать, шлёпать, или же от слова «полып» — так в некоторых говорах называли лепёшку или оладья. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с характерной походкой или к любителю выпечки. Однако с учётом распространённости модели «имя + -енко» версия с Ипполитом выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным регионам Украины, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Встречается она нечасто, что объясняется редкостью исходного имени. Носители фамилии, скорее всего, происходили из казацкой или крестьянской среды — именно там были распространены фамилии на -енко, которые в официальных документах закреплялись за целыми родами.

Интересная деталь: в старых метрических книгах фамилию могли записывать по-разному — Полыпенко, Полыпин, Полипенко. Вариант с «ы» вместо «и» указывает на южнорусское или украинское аканье-ыканье, которое фиксировало местное произношение. Сегодня фамилия Полыпенко сохраняет редкое звучание и не смешивается с более частыми Полипенко или Полиповыми, что делает её чётким маркером конкретной родословной линии.