Фамилия Полибенко — редкий случай, когда корень слова почти не поддаётся однозначной расшифровке. В ней отчётливо выделяется украинская модель с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках означал «маленький» или «сын» (Полибенко — «сын Полиба»). Но вот что скрывается за основой Полиб- — вопрос.

Самая прямая версия отсылает к греческому имени Полиб (Πόλυβος), которое встречается в древнегреческой мифологии и истории. Полибом звали, например, коринфского царя, воспитавшего Эдипа. В православных святцах это имя не закрепилось, но в южнорусских и украинских землях, через культуру Византии и влияние греческой диаспоры, могли использовать редкие календарные или некалендарные имена греческого происхождения. Если так, то Полибенко — потомок человека по имени Полиб, что для фамилий на -енко логично.

Однако есть и другая, более приземлённая гипотеза. Основой могло стать прозвище Полиб, образованное от глагола «полибать» — в некоторых говорах так говорили про небрежное, хлёсткое действие, например «полибать по воде» (бить, хлестать). Человек с таким прозвищем мог слыть резким, неаккуратным в работе или, наоборот, ловким в каком-то ремесле, связанном с ударами (молотобоец, косарь). Эта версия объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения: прозвище было локальным и не слишком лестным.

Географически фамилия тяготеет к центральной и восточной Украине, где суффикс -енко — основной маркер фамилии. Встречается она редко, что говорит о её происхождении из одной или нескольких соседних семей, а не из массового именования. Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Полибенков или Полибин (русский вариант) не добавляет ясности: везде корень остаётся тёмным.

Социальный контекст типичен для фамилий на -енко: первоначально это были именования казацкой старшины, мещан или свободных крестьян, но к XIX веку они стали массовыми и у крепостных крестьян. Полибенко, скорее всего, не принадлежал к знатному роду — слишком редкая и неочевидная основа для того, чтобы закрепиться в дворянских гербовниках.

Если выбирать между версиями, греческое имя Полиб выглядит более правдоподобным: прозвище «Полиб» от «полибать» слишком узкое и диалектное, чтобы дать устойчивую фамилию, а греческое имя, пусть и редкое, имеет под собой культурную базу. Но окончательного ответа нет — фамилия остаётся загадкой, где каждый носитель волен выбрать ту версию, которая ему ближе.