Предположительно, прозвище Полюндра происходит от слова «полундра». Этот морской термин буквально означает «спасайся кто может, берегись, срочный сбор». Вероятно, это слово происходит от голландского plunderen — «грабить, разорять, мародерствовать». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Полюндра закрепилось за моряком. Однако существует и другая трактовка фамилии Полюндра. Так, возможно, что она представляет собой украинизированный вариант латышской фамилии Полюнис, образованной от прозвища Полис. Оно, в свою очередь, восходит к латышскому слову polis - «поляк». Поэтому нельзя исключить, что основатель рода Полюндра был поляком.