Фамилия Полюнина — женская форма от Полюнин, а та, в свою очередь, восходит к прозвищу или нецерковному имени Полюня. Разберём, что стоит за этой основой.

В русской ономастике имя Полюня — это, скорее всего, производная форма от канонического имени Полиевкт (греч. «многожеланный»). В народной среде длинные и непривычные церковные имена часто усекали и переиначивали: Полиевкт превращался в Полю, Полюню, Полюху. Суффикс -юн- в данном случае — уменьшительно-ласкательный, типичный для русских диалектов (ср. Маланья — Маланюня, Иван — Ванюня). Таким образом, Полюня — это ласковое обращение к человеку, носившему полное имя Полиевкт или, реже, Поликарп.

Есть и вторая, менее распространённая версия, которую приводят некоторые исследователи бытовых прозвищ. В северных и сибирских говорах слово «полюня» могло означать «поляна» или «открытое место в лесу». Если принять эту гипотезу, то прозвище Полюня давали человеку, жившему на опушке или расчистившему участок под пашню. Однако эта версия уступает первой по убедительности: фамилии от топографических признаков чаще образовывались через суффиксы -ский/-цкий (Полянский) или прямо от слова «поляна» (Полянин), а не через уменьшительную форму.

Фамилия Полюнин (и Полюнина) — относительно редкая. Её география тяготеет к центральным и северо-западным областям России, где имя Полиевкт было в ходу до середины XIX века. Встречаются также однокоренные фамилии Полюхов, Полюшкин, образованные от тех же народных вариантов того же имени.

Что касается социального статуса, то носители фамилии Полюнины в большинстве своём принадлежали к крестьянскому и мещанскому сословиям. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется. Как и многие отчества-прозвища, она закрепилась в документах в эпоху, когда крестьянам массово присваивали фамилии по имени или прозвищу отца — в данном случае по отцу Полюне.