Фамилия Полюнько — редкий случай, когда прозрачная на первый взгляд основа оказывается не такой однозначной. На слух она звучит как типичная украинская фамилия с суффиксом -енко, но здесь стоит обратить внимание на безударную гласную: в украинском варианте скорее ожидалось бы Полюненко или Поліненко. А вот -ько — характерный южнорусский или белорусский суффикс, который встречается в фамилиях вроде Сенько, Кузько, Иванько. Он указывает на уменьшительную форму имени или прозвища. Поэтому Полюнько — это, скорее всего, не «сын Полюна», а «маленький Полюн» или просто ласкательное обращение к человеку по имени Полюн.

Корень «Пол-» ведет к двум основным версиям. Первая — от крестильного имени Пол (церковная форма Павел), которое в народной речи звучало как Павло, Павлун, а затем и Полюн. Вторая версия — от прозвища, связанного с полевыми работами: «полюн» в некоторых говорах могло означать того, кто работает в поле, или даже человека, которого «полюют» (окликают, зовут) — то есть крикливого или заметного. Третья, менее вероятная, — от слова «полын» (полынь), но тогда фамилия писалась бы через «ы».

Географически фамилия Полюнько встречается преимущественно на юге России и в восточных областях Украины, особенно в бывших землях Войска Донского и Слобожанщине. Это не случайно: именно в этих регионах смешивались украинская и русская антропонимические традиции, и суффикс -ько органично вписался в местные фамилии, не став при этом чисто украинским -енко.

Социальный контекст прост: владельцы такой фамилии в большинстве своем были крестьянами или казаками. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, так что предки Полюнько — это люди земли, либо пахари, либо служилые казаки, получившие прозвище по имени или занятию. В документах XIX века фамилия встречается в метрических книгах Воронежской и Харьковской губерний.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие аналоги — Полюнов, Полюнин (русские варианты с суффиксами принадлежности) и Поліненко (чисто украинская форма). Полюнько стоит особняком именно из-за суффикса: он не говорит о родстве («чей сын»), а скорее описывает человека — «вот этот Полюн», что делает фамилию более древней по модели, восходящей к прозвищам, а не к отчествам.