Фамилия Понихидников — один из тех случаев, когда за привычным суффиксом -ов скрывается необычная и даже мрачноватая основа. Вопреки возможным догадкам, корень здесь не имеет отношения к слову «понимать» или «понырять». Прямое значение — от слова «панихида», церковной заупокойной службы. В старину человека, который пел или служил панихиды, могли в быту прозвать Понихидником. Чаще всего так называли либо причетника, либо низшего церковнослужителя (псаломщика, дьячка), в чьи обязанности входило чтение молитв по усопшим.

Модель образования типична для русских фамилий духовенства: прозвище на -ник → фамилия на -ов. Суффикс -ник указывает на лицо по действию или роду занятий (сравните: «молитвенник», «требник»). Такие фамилии нередко давали в семинариях или закреплялись за потомками причетников, чтобы подчеркнуть их службу при храме. В отличие от «поповских» фамилий вроде Рождественского или Успенского, Понихидников — фамилия «низовая», бытовая, не привязанная к названию праздника или храма, а к конкретному, пусть и скорбному, обряду.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — центральные и северные губернии России, где церковный причт был многочислен и фамилии такого типа фиксировались в клировых ведомостях. Встречается вариант Понихидников без изменения ударения (на второй слог — Пони́хидников), что подтверждает связь с «панихидой», а не с гипотетическим «понихидником» как искажением «панихидника».

Стоит упомянуть, что в народной речи слово «панихида» иногда произносили как «понихида» — через «о» под влиянием аканья. Именно эта разговорная форма и легла в основу прозвища, а затем и фамилии. Так что Понихидников — это не ошибка письма, а живая запись произношения, закрепившаяся в документе. В целом, фамилия — редкий пример того, как церковная лексика, минуя торжественные формы, отразила повседневную, даже будничную сторону приходской жизни.