Фамилия Понков, на первый взгляд, кажется простой и прозрачной, но её корень допускает несколько версий. Самая очевидная и распространённая в русской ономастике модель — отчество от имени или прозвища Понка. Это уменьшительная форма от канонического имени Понфил (просторечный вариант греческого Панфил — «всеми любимый») или от Порфирий (греч. «пурпурный»). В быту такие имена «сокращали» до Поня или Понька, а суффикс -ов указывал на принадлежность: Понков буквально означал «сын Понки».

Однако есть и вторая, не менее правдоподобная версия, связанная с географией. В псковских и тверских говорах словом «понька» называли небольшой стог сена или особый вид женской одежды — род юбки-понёвы. Прозвище Понок или Понка мог получить либо крестьянин, занятый сенокосом, либо человек, носивший характерную одежду. В этом случае фамилия образована не от имени, а от прозвища по роду занятий или внешнему признаку.

Словообразовательный суффикс -ов типичен для центральных и северных регионов России. Фамилия Понков встречается в основном в Тверской, Псковской и Новгородской областях, что косвенно подтверждает диалектную версию происхождения. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, оставаясь локальной — это отличает её от массовых отчеств вроде Иванов или Петров.

Стоит отметить, что написание фамилии устойчиво: через «о» в первом слоге. Вариант Пеньков (от «пень») существует отдельно и не является вариацией Понкова, хотя на слух их иногда путают. Таким образом, предки современных Понковых с высокой вероятностью жили на северо-западе Руси и носили либо церковное имя в народной форме, либо бытовое прозвище, связанное с сеном или одеждой.