Фамилия Понькова — женская форма мужской фамилии Поньков. В основе лежит прозвище Понька. Чаще всего так в старину называли маленького, невысокого человека: слово «понька» в русских говорах означало «карлик», «недоросль». Встречалось оно и в значении «малорослый, щуплый парень». Скорее всего, прозвище давали с оттенком снисходительности или шутки, без злого умысла — по характерной внешности или в сравнении с более рослыми родственниками.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: сначала от прозвища Понька возникло отчество Поньков («сын Поньки»), а затем, при передаче по наследству, закрепилась фамилия. Суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Поньковы — это потомки человека по прозвищу Понька. Мужская форма Поньков, соответственно, дала женскую Понькова — такую фамилию обычно получали замужние женщины или дочери.

Есть и другая, менее распространённая версия: Понька могло быть уменьшительной формой от канонического имени Понтий (греч. «морской»). В народе редкие церковные имена часто переделывали в более привычные и короткие формы, и Понька — один из возможных вариантов. Однако связь с прозвищем по внешности кажется более надёжной, поскольку слово «понька» в бытовом языке зафиксировано, а имя Понтий в крестьянской среде встречалось редко.

Фамилия Понькова распространена в основном в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, где подобные прозвища были в ходу. Встречается она и на Урале, куда фамилию могли принести переселенцы. Носительницы этой фамилии в прошлом чаще всего происходили из крестьян или мещан — фамилии на -ов редко встречались у дворянства, если не были образованы от географических названий.