Фамилия Понькина образована от прозвищного имени Понька — так на Руси могли сокращенно называть носителей крестильных имен Понтий и Ферапонт. Первое имя в переводе с греческого означает «морской», второе — «слуга». Оба имени сегодня встречаются редко, поэтому и фамилия, и ее основа звучат необычно.

Разберем словообразовательную цепочку. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Понькина буквально значит «дочь или жена Поньки». Само имя Понька — типичный пример народной переработки церковного имени: усечение основы и добавление ласкательного суффикса -к-. Подобным образом из Иван получали Ивашку, из Степан — Стешку, а из Ферапонт — Феропоньку, которая со временем упростилась до Поньки.

Имя Ферапонт ребенок мог получить в честь священномученика Ферапонта, епископа Сардинского, жившего в III веке. По преданию, за обращение язычников ко Христу он принял мученическую смерть. Память этого святого чтили на Руси, хотя имя и не вошло в число самых распространенных.

Скорее всего, основатель рода Понькиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Фамилии с суффиксом -ин в основном закреплялись за простыми людьми — ремесленниками, крестьянами, мелкими служащими. Дворянские роды чаще носили фамилии на -ов/-ев или -ский. Поэтому потомок человека по имени Понька, со временем получивший фамилию Понькина, почти наверняка происходил из непривилегированного сословия.

Интересно, что фамилия сохранила женскую форму как основную — это типично для случаев, когда речь идет о семье в целом или о женщине как носительнице родового имени. В документах и переписях встречаются обе формы: Понькин и Понькина, в зависимости от пола человека.