Понька — это производная краткая форма крестильных мужских имен Понтий и Ферапонт. Первое из них в переводе с греческого языка означает «морской», а второе — «слуга». Имя Ферапонт ребенок мог получить в честь святого покровителя - священномученика Ферапонта, епископа Сардинского, который за обращение язычников ко Христу был подвергнут мучениям (III в.). Скорее всего, основатель рода Понькиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Понька, со временем получил фамилию Понькина.