Понька — это просторечная краткая форма крестильных мужских имен Понтий и Ферапонт. Первое из них в переводе с греческого означает «морской», а второе — «слуга». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Понька, со временем получил фамилию Понькин.