Фамилия Понкина — женская форма, а мужской вариант Понкин. Она образована по стандартной и самой распространённой в русском языке модели: к основе Понк- добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Другими словами, Понкин — это «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Понка.

Корень здесь — Понк-, и он неочевиден. Самая вероятная версия: Понка — это уменьшительная форма от канонического имени Понтий. Имя редкое, греческого происхождения (от «понтос» — море), в святцах оно есть, но в народном быту почти не встречалось. Поэтому Понка могло быть не церковным, а мирским прозвищем, образованным от глагола «понукать» — то есть понуждать, торопить. Понукалой или Понкой в говорах называли человека, который постоянно подгонял других, был нетерпеливым или требовательным.

Вторая, менее вероятная версия — связь с названием рыбы «понька» (так в некоторых диалектах называли мелкую плотву или уклейку). Тогда прозвище Понка мог получить рыбак или человек, чем-то напоминавший эту рыбу — например, юркий и быстрый.

Географически фамилия Понкин встречается нечасто. Основные очаги — центральные области России, особенно бывшая Тверская и Псковская губернии, где диалектное слово «понукать» было в ходу. В письменных источниках XVII–XVIII веков фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в среде крестьян и мещан, где прозвища закреплялись как фамилии в XIX веке.

По сословному составу Понкины — это не дворянский род, а фамилия, возникшая в простонародной среде. Среди однокоренных можно назвать Понюшкин, Пономарев (от пономарь, но корень другой), а также Понкратов — от имени Панкратий, который в народе могли путать с Понкой из-за звукового сходства.