Фамилия Понушков образована от прозвища или нецерковного имени Понушка, в основе которого лежит диалектное слово «понурый» — угрюмый, печальный, насупленный. В говорах «понурый» означало не только внешнюю хмурость, но и характер — замкнутый, необщительный. Прозвище Понушка могли дать человеку с таким нравом, а со временем оно закрепилось за его потомками. Модель образования простая: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Понушков), то есть «сын Понушки».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с глаголом «понукать» — понуждать, подгонять, торопить. В этом случае Понушкой могли прозвать настойчивого, требовательного человека или, наоборот, того, кого постоянно понукали. Однако эта гипотеза слабее: глагол «понукать» дал бы форму Понукалов или Понукаев, а форма Понушка скорее восходит к прилагательному.

Фамилия редкая и не имеет широкой географической привязки, но по моделям бытования тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектные формы на -ушка (Понушка, Горюшка, Невесёлка) были особенно распространены. В списках дворянства и купечества Понушковы не встречаются — скорее всего, фамилия крестьянская или мещанская, что типично для прозвищных фамилий на -ов, закрепившихся в XIX веке после отмены крепостного права.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не выделяют Понушковых в отдельную статью, но модель «корень + -ушка + -ов» хорошо описана как типичная для русских фамилий от прозвищ с уменьшительно-уничижительным оттенком. Однокоренные фамилии — Понуров, Понурин, Понуркин — встречаются чаще и подтверждают связь с тем же корнем.