Фамилия Попеков — самобытный памятник славянской культуры, и её происхождение уводит нас скорее не вглубь русских земель, а на запад, в Польшу. Наиболее вероятно, что перед нами русифицированная польская фамилия Попек. В польском языке она образована от прозвища Поп при помощи уменьшительного суффикса -ек. Такая модель типична для польской ономастики: суффикс -ек придавал имени или прозвищу ласкательный, уменьшительный оттенок, а затем закреплялся за потомками как самостоятельная фамилия. В русском языке конечное -ек, попав под влияние стандартной модели притяжательных прилагательных, превратилось в -еков, что и дало нам привычное звучание Попеков.

Основа прозвища Поп восходит к нарицательному слову со значением «православный священник». Вряд ли речь идёт о прямом указании на сан: чаще всего такие прозвища закреплялись за человеком по какой-то внешней схожести, поведению или иронии — например, за чрезмерно серьёзного или, напротив, набожного крестьянина. Менее вероятно, что фамилия ведёт начало от мирского имени Поп, которое в древнерусской традиции иногда давали детям вне церковного календаря. Но в данном случае польский суффикс -ек делает версию о прозвище более убедительной: он указывает на конкретную словообразовательную модель, а не на простое бытование имени.

Таким образом, потомок человека, которого в округе звали Попеком (то есть «маленьким Попом» или «сыном Попа»), со временем получил фамилию Попеков. Важно понимать, что процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Попековы могли появиться и в среде польской шляхты, и среди крестьян, переселившихся на восток, — окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, включающих работу с метрическими книгами и ревизскими сказками.