Фамилия Поповнин — редкий пример, когда основа и суффикс вступают в очевидное противоречие. С одной стороны, корень «попов-» прямо указывает на связь со священником (попом), с другой — суффикс «-ин» в этой фамилии нестандартен. Обычно фамилии на «-ин» образуются от основ на «-а/-я» (Попов → Поповин? Нет, Поповнин), а здесь мы видим двойной суффикс: сначала «-ов», затем «-ин». Это значит, что в основе лежало не просто слово «поп», а уже оформленное притяжательное прилагательное «поповнин» — то есть «сын Поповны» или «принадлежащий Поповне».

Поповна — дочь священника. В русской деревне это был вполне конкретный социальный тип: девушка из духовного сословия, нередко с приданым и особым положением. Ребёнка, рождённого вне брака у такой женщины, или просто сына, которого записали по матери, могли назвать Поповниным. Фамилия указывает не на отца-попа, а на мать-поповну. Это отличает её от массовых Поповых: если Поповых десятки тысяч, то Поповниных — единицы, и почти все они из северных и центральных губерний, где была сильна традиция называть детей по матери (матронимические фамилии).

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия образована от прозвища «Поповня» (так в некоторых говорах называли дом или хозяйство попа, а также — иронично — самого священника). Сын такого человека получал фамилию Поповнин. Но первая версия, с дочерью священника, встречается в ономастической литературе как основная для этой редкой формы.

В любом случае, Поповнин — фамилия, которая говорит о происхождении из духовной среды, но не по прямой мужской линии, а через женскую ветвь. Это делает её не просто вариантом Попова, а самостоятельным, более узким указанием на родство.