Фамилия Попутько звучит как типичная украинская, но её основа неочевидна. Суффикс -ко указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России, где такие окончания фамилий особенно распространены. Однако корень «попут-» требует разбора.

Самая прямая версия — от слова «попутный» или «попутчик». В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком, который часто находился в пути, сопровождал кого-то или, наоборот, жил на большой дороге, при тракте. Прозвище Попутный или Попуть (с утратой конечного -н) давали тому, кто был постоянным спутником в поездках, либо тому, чей дом стоял у дороги, — «попутный» двор. Суффикс -ко в украинской традиции часто оформлял такие прозвища в фамилии: Попуть → Попутько.

Вторая, менее очевидная версия, связывает фамилию с диалектным глаголом «попутать» — то есть спутать, перепутать, сбить с толку. В говорах «попуть» могло означать путаницу, неразбериху, а в переносном смысле — человека, который всё путает или сам запутан. Однако эта версия слабее: слишком далеко от значения «попутчик» и не подтверждается прямой лексической параллелью в ономастике.

С точки зрения географии, фамилия Попутько встречается преимущественно в южных областях России (Краснодарский край, Ростовская область) и в восточной Украине. Это типичная фамилия казачьих или крестьянских родов, которые получали прозвища по бытовым признакам. В дворянских списках она не фиксируется — перед нами фамилия простонародная, образованная на месте, без книжного влияния.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Попутников, Попутный) показывает, что Попутько — более архаичная форма, где основа усечена, а суффикс -ко играет роль уменьшительно-притяжательного: буквально «сын Попути» или «маленький Попуть». Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком, связанным с дорогой или путешествиями, — не обязательно купцом или ямщиком, а просто тем, кто постоянно был «при пути».