Фамилия Попужаева звучит необычно, но её происхождение прозрачно и уходит корнями в прозвище, а не в имя или профессию. Основа — глагол «попужать», то есть «попугать», «припугнуть», «напугать слегка». В старых говорах слово «попужать» означало не столько испугать всерьёз, сколько пригрозить, приструнить или заставить опомниться. Так могли прозвать человека, который любил покричать, пошуметь, пугал окружающих для острастки, либо, наоборот, того, кто сам легко пугался, — диалекты допускают оба оттенка.

По словообразовательной модели фамилия Попужаева — женская форма от Попужаев, а мужской вариант Попужаев образован с помощью суффикса -ев. Это типичная патронимическая модель, но не от имени, а от прозвища: «чей?» — Попужаев, то есть сын или потомок Попужая. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на древнюю основу на мягкий согласный или на -й (Попужай → Попужаев). Встречается и вариант с ударением на второй слог — Попужа́ев, что подчёркивает глагольный корень «пужать».

В отличие от распространённых фамилий на -ин или -ов, Попужаев — редкая и яркая. Её носители, скорее всего, происходят из северных или центральных русских областей, где слово «пужать» бытовало активно (в южных говорах чаще говорили «пугать»). В документах XIX века такая фамилия могла закрепиться за крестьянами или однодворцами — людьми, чьё прозвище было настолько метким, что перешло в официальную запись.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда её пытаются вывести от тюркского корня, но это натяжка: звучание совпадает случайно, а прозрачная русская глагольная основа не оставляет сомнений. Если же искать однокоренные фамилии, то это Пужаев, Попугаев (от «попугай» — тоже прозвище, но другое по смыслу), а также Пугачёв — с тем же корнем, но с другим суффиксом и историей.

Так что Попужаева — фамилия-характеристика, живая и прямая, без примесей книжного или церковного происхождения. Её носитель в прошлом — человек, которого запомнили по одному меткому слову.