Фамилия Пракофьев — наглядный пример того, как народная речь переиначила книжное церковное имя. В основе лежит каноническое имя Прокофий (греч. Прокопиос — «преуспевающий», «преуспевший»), которое в просторечии часто звучало как Прокофей или Прокофий. От этого разговорного варианта и пошла фамилия, но с характерной чертой: вместо ожидаемого суффикса -ев (как в Прокофьев) здесь закрепилась форма с -ьев, возникшая из-за мягкого произношения конечного согласного основы (Прокофь- + -ев). На письме это отразилось как «Пракофьев» — с акающим произношением, свойственным южным и центральным русским говорам, где безударное «о» переходит в «а».

В дореволюционных документах фамилия могла писаться по-разному: Прокофьев, Прокофьевъ, Пракофьев. Вариант с «а» в первом слоге — не ошибка, а живая фонетическая запись. Такие формы чаще встречались в крестьянской и мещанской среде, где грамота была не всеобщей, и фамилию записывали со слуха. Это отличает Пракофьевых от, скажем, Прокофьевых из духовного сословия — там написание держалось за церковнославянскую норму.

Имя Прокофий было очень распространено на Руси, особенно в XVI–XVII веках. Соответственно, фамилии от него — одни из самых частых. Но Пракофьев — более редкий вариант именно из-за акающего написания. По сути, это та же фамилия, что и Прокофьев, но застывшая в той форме, в которой её произносили в конкретной местности — скорее всего, в рязанских, тульских или калужских землях, где аканье было нормой.

С точки зрения словообразования всё просто: корень Прокофь- (от Прокофий) плюс патронимический суффикс -ев, указывающий на «сына Прокофия». Никакой другой, более экзотической этимологии у фамилии нет. Все версии, связывающие её с греческим «практика» или латинским «proco» (сват), — домыслы, не подтверждённые ономастикой.