Фамилия Пракофьева — это вариант, возникший из народного произношения имени Прокофий. В русских говорах, особенно в южных и западных регионах, звук «к» перед гласной «о» в безударном положении мог переходить в более слабый, почти «х» или вовсе исчезать, а в ряде диалектов его заменяли на «ф». Так Прокофий превращался в Пракофия, а отчество от него — в Пракофьев. То есть перед нами не опечатка, а живой фонетический процесс, который закрепился в документах. Основа та же, что и у фамилии Прокофьев: церковное имя Прокопий (от греческого «прокопэ» — успех, преуспевание). Суффикс -ев указывает на принадлежность: сын Пракофия.

Интересно, что форма Пракофьева встречается реже, чем Прокофьева, и может указывать на определённую местность. В переписных книгах XVII–XVIII веков, например, по Тульской и Рязанской губерниям, фамилии с корнем «Прак-» фиксировались у крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные рубежи. В отличие от дворянских родов Прокофьевых, которые иногда вели происхождение от греческих священников, носители варианта Пракофьев чаще были выходцами из простонародья, где имя бытовало в обиходной, «опрощенной» форме.

С точки зрения словообразования, фамилия женского рода — Пракофьева, мужской вариант — Пракофьев. Модель образования типична для русских фамилий: от отчества через притяжательный суффикс. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был сыном или внуком человека по имени Пракофий — человека, чьё имя в церковных записях могли записать как Прокопий, а в быту звали проще. Географически фамилия тяготеет к Центральной России и Поволжью, но не образует плотных гнёзд, оставаясь сравнительно редкой.