Фамилия Прексина — женская форма, а её мужской вариант — Прексин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Прекс-». Сразу заметно: это не типичная русская основа, как, скажем, «Кузнец-» или «Попов-». Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, и корень здесь иноязычный.

Самая вероятная версия связывает фамилию с латинским словом «prex» (просьба, мольба) или его производным «precarius» (полученный по просьбе, временный, ненадёжный). В русской традиции такие «учёные» прозвища могли давать в семинарской или духовной среде. Семинаристам, особенно в XVIII–XIX веках, часто меняли фамилии на латинизированные или грецизированные, переводя их с русского или придумывая новые. Прозвище «Прекс» или «Прексин» мог получить ученик, который постоянно о чём-то просил, или, напротив, человек, чьё положение было шатким, зависимым — «временный», «приходящий».

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с немецкой фамилией Prex или Preks. Немецкие колонисты, переселявшиеся в Россию в XVIII–XIX веках, привозили свои фамилии, которые затем русифицировались. В этом случае основа могла восходить к диалектному немецкому слову, означающему «хвастун» или «задира». Однако для фамилии Прексин такая этимология менее характерна, так как в русских документах она встречается реже немецких вариантов.

С точки зрения словообразования, фамилия Прексин следует стандартной модели: к основе «Прекс-» добавился русский суффикс принадлежности «-ин», указывающий на родство: «чей?» — «Прексин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Прекс. Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону, но чаще встречается в центральных областях России, что косвенно подтверждает её возможное семинарское происхождение — духовные училища были распространены именно там.

Таким образом, фамилия Прексина, скорее всего, несёт в себе след книжной, латинской культуры, а её носитель в прошлом мог быть либо сыном семинариста, получившего «говорящее» прозвище, либо потомком выходца из немецких земель.