Фамилия Профонов — редкая и неочевидная. В ней нет привычного суффикса отчества на -ов/-ев, который присоединяют к имени или прозвищу. Здесь основа «профон», а окончание -ов — это уже чисто русский патронимический суффикс, который «пришили» к иноязычному корню. То есть фамилия образована от прозвища или имени Профон, которое затем русифицировали по стандартной модели: чей сын? — Профонов.

Корень «профон» почти наверняка не славянский. Самая вероятная версия — от французского profond, то есть «глубокий». В России XVIII–XIX веков французский язык был языком дворянства и образованных слоёв. Прозвище Профон могли дать человеку за глубокий ум, основательность, либо иронично — за излишнюю серьёзность. Не исключено, что это была уличная кличка, закрепившаяся за крестьянами или мещанами, которые служили у французов-гувернёров или помещиков, увлекавшихся галломанией.

Менее вероятный, но возможный вариант — от немецкого Profon (с ударением на второй слог). В немецких диалектах это могло быть прозвищем от профессии (например, от Profoss — «провост», в российской армии так называли военных полицейских). Однако фонетика «Профонов» ближе к французскому звучанию, чем к немецкому «Профосс».

Географически фамилия встречается точечно, без выраженного ареала. В дореволюционных метрических книгах единичные Профоновы записаны в центральных губерниях и на юге России, что косвенно подтверждает связь с дворянскими усадьбами, где служили французские учителя.

С точки зрения словообразования это типичный случай «двойной переработки»: иностранное слово стало прозвищем, а прозвище — фамилией через русский суффикс. В отличие от фамилий вроде Французов или Немчинов, здесь нет указания на национальность, только на качество или род занятий.