Фамилия Прохопонов — это пример того, как церковное имя, пройдя через народное произношение, закрепилось в документах в неожиданном обличье. В основе лежит каноническое имя Прокопий (от греческого «прокопэ» — успех, преуспеяние). Но в русской устной традиции это имя не раз перекраивалось: Прокоп, Прокофий, а в южнорусских и украинских говорах — Прохоп, Прохопий. От формы Прохоп и образована фамилия с типичным русским суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «сын Прохопа».

Словообразовательная модель здесь простая: основа Прохопон- (где -он- могло возникнуть как наращение при склонении, по аналогии с «сын Прохопа» → Прохопонов) плюс фамильный суффикс -ов. Это характерно для фамилий, которые оформились в среде крестьян и мещан, где полное имя редко записывали по церковным книгам, а чаще — как слышали. В отличие от фамилии Прокопьев, где основа осталась ближе к книжному варианту, Прохопонов выдает народную, «обкатанную» речь.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в старых переписях Курской, Воронежской губерний и в казачьих областях Дона. Это не случайно: именно в этих регионах диалектные формы имен (Прохоп, Прохор в значении Прокопий) были особенно живучи. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — государственными крестьянами, которые несли сторожевую службу на границе.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда Прохопонов путают с фамилией Прохоров (от имени Прохор), но это разные корни. Прохор означает «запевающий в хоре», а Прохоп — это именно Прокопий. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи описаны как типичная метаморфоза церковных имен в народной среде.

Так что фамилия Прохопонов — не случайный набор звуков, а живая запись того, как в XIX веке крестьянин назвал себя по отцу: не по книге, а как привык с детства.