Фамилия Проклушина — женская форма фамилии Проклушин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Скорее всего, в основе лежит нецерковное мужское имя или прозвище Проклуша. Такая модель образования типична для русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность («чей?» — сын Проклуши). Само имя Проклуша — это производная форма от канонического имени Прокл (др.-греч. «прославленный»), которое давали в честь святителя Прокла Константинопольского. Уменьшительно-ласкательный суффикс -уша (как в именах Кирюша, Петруша) здесь редок, что и создаёт ощущение нестандартности.

Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище Проклуша могло возникнуть от глагола «проклинать» — так могли назвать бранчливого или невезучего человека. Однако в ономастике предпочтение отдают первой гипотезе: фамилии от церковных имён встречаются гораздо чаще, чем от глагольных основ с негативным оттенком. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна подтверждает, что Прокл и его производные дали начало нескольким фамилиям, включая Проклов, Прокопов и, вероятно, Проклушин.

Географически фамилия редкая и локальная. Встречается преимущественно в северных и центральных регионах России — в Архангельской, Вологодской, Костромской областях, где крестьянские фамилии на -ин часто фиксировали имя отца без изменений. Носительница фамилии Проклушина может с большой вероятностью считать своими предками крестьян или посадских людей XVI–XVII веков, получивших фамилию по деду или отцу по имени Проклуша. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не отмечено.