Фамилия Прунькина — женская форма фамилии Прунькин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Прунька. Основа здесь — слово «прун» или «пруня». В русских говорах «прун» могло означать нечто упрямое, настойчивое, а также относиться к человеку с неспокойным, «кипучим» характером. В некоторых диалектах «прунька» — это непоседа, егоза. Такое прозвище давали либо слишком активному ребёнку, либо взрослому, который постоянно суетился и не сидел на месте.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Прунькин, то есть сын или потомок Пруньки). Это одна из самых распространённых моделей в центральной и северной России, особенно в среде крестьян и мещан. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных форм имён, фамилии на -ин тяготеют к прозвищам и уменьшительным формам.

Есть и менее очевидная, но правдоподобная версия: связь с диалектным словом «прун» в значении «вид рыбы» (например, мелкая плотва или уклейка). Тогда прозвище Прунька мог получить рыбак или торговец рыбой. Однако эта версия уступает первой по распространённости: в ономастических справочниках фамилии с корнем «прун-» (Пруньков, Прунцов) чаще связывают именно с чертами характера, а не с промыслом.

Фамилия Прунькина довольно редкая. По данным переписей и телефонных справочников, её носители в основном встречаются в Центральной России — в Тверской, Ярославской и Костромской областях. Это косвенно подтверждает диалектную природу основы: именно в этих регионах слово «прунька» в значении «непоседа» фиксируется этнографами. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет — фамилия однозначно крестьянская или мещанская, что типично для прозвищных фамилий на -ин.