Фамилия Прунькин — одна из тех, где внешне простая основа таит в себе неожиданные версии. На первый взгляд, перед нами типичная модель с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Прунькин, то есть сын или потомок Пруньки. Вопрос в том, что или кто такой Прунька.

Самое прямое объяснение лежит в диалектной лексике. В южнорусских и украинских говорах «прунькать» означало бормотать, ворчать, говорить невнятно. Прунькой могли прозвать неразговорчивого, брюзгливого человека или того, кто постоянно что-то бубнил себе под нос. Такие прозвища по манере речи — частый источник фамилий: Говорков, Молчунов, Воркотун. Прунькин — из того же ряда, но с более узкой региональной привязкой.

Вторая версия — отглагольная, но с другим оттенком. В некоторых областях «прунькать» означало также «хихикать», «посмеиваться втихомолку». Если так, то прозвище Прунька мог получить человек себе на уме, скрытный насмешник. Третья, менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с уменьшительной формой имени Прокофий (Прокопий). В народе это имя дробилось на десятки вариантов: Проня, Пронька, Пруня, Прунька. Однако в этом случае фамилия ожидалась бы скорее как Пронькин или Прунин — вариант Прунькин встречается реже и тяготеет к прозвищному происхождению.

Фамилия редкая, нераспространённая. В дореволюционных справочниках и современных базах она встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также у украинских переселенцев. Сословного барьера у Прунькиных не было: прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину. Суффикс -ин не указывает на дворянство, так что, скорее всего, предки носителя фамилии — крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по уличному прозвищу в XVII–XIX веках при массовом закреплении фамилий.

Если сравнивать с однокоренными, то Пруньков (с суффиксом -ов) — более частый вариант, но в нём основа та же. Прунькин — форма на -ин, что типично для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Именно так: Прунька — мужское прозвище, но по модели «мать — Маша — Машин» дало Прунькина. Никакой тайны, только живой язык.