Фамилия Прунько — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была одной из самых продуктивных в Поднепровье, Галиции и на Слобожанщине. Суффикс -ко в украинской антропонимии выполнял уменьшительную и отчествообразующую функцию: сначала так называли сына или младшего члена семьи (Прунько буквально — «маленький Прунь»), а позже фамилия закрепилась за родом.

Основа фамилии — прозвище Прунь. Его значение неочевидно, и здесь возможны два равноправных объяснения. Первое: «прунь» в южнорусских и украинских говорах — это прут, тонкая ветка, хворостина. Прозвище могли дать высокому и худому человеку, либо тому, кто работал с лозой, корзинами или плетнями. Второе: «прунь» — диалектное название насекомого (сверчка или кузнечика), которое в переносном смысле могло характеризовать неугомонного, вертлявого человека. В украинских говорах встречается и глагол «прунити» — брезговать, капризничать, что тоже могло стать источником прозвища.

Географически фамилия Прунько чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Сумской областях. В России она редка и фиксируется в основном среди потомков переселенцев с Украины. Интересно, что фамилия не имеет параллелей в великорусских фамилиях на -ов/-ев, что указывает на её сугубо украинское происхождение: если бы основа была русской, мы бы имели Пруньков.

В польской ономастике встречается фамилия Prunko, но она, скорее всего, имеет ту же украинскую основу — в Речи Посполитой украинские фамилии на -ко нередко полонизировались, но корень оставался тем же.

Таким образом, предки носителя фамилии Прунько — скорее всего, крестьяне или казаки из украинских земель, получившие прозвище по внешности, характеру или занятию. Фамилия сохранила свой уменьшительный оттенок, который со временем стёрся, но словообразовательная модель чётко указывает на её малороссийские корни.