Фамилия Прунов — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или поведению, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит нецерковное имя или прозвище Прун. В старину «пруном» называли упрямого, несговорчивого человека, того, кто «прёт» напролом, не слушая доводов. Этот корень жив в диалектных глаголах «прунить» (упрямиться, перечить) и «прунеть» (сердиться, дуться). Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил её за характер — стойкий, неуступчивый, возможно, даже вздорный.

Модель образования проста: к основе Прун добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Пруна» или «принадлежащий Пруну». Это одна из самых распространённых моделей для фамилий, возникших в центральной России и на севере. Интересно, что суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что исходное слово Прун относилось к мужскому роду и склонялось как существительное второго склонения (как «стол», «конь»). Если бы прозвище звучало как Пруня, фамилия была бы Прунин.

В русских говорах встречается и другое значение слова «прун» — так в некоторых областях называли вид хлебного изделия или кушанья. Однако эта версия менее вероятна для прозвища: кормильца чаще называли по роду занятий (Мельник, Пекарь), а не по блюду. Упрямство — более яркая и запоминающаяся черта, которая легко становилась уличным прозвищем.

Фамилия Прунов не относится к числу аристократических или «географических» (на -ский). Она бытовала в крестьянской и мещанской среде. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в бывших Ярославской и Костромской губерниях. Среди однокоренных фамилий — Прунков, Прунчиков (с уменьшительными суффиксами) и более редкая Пруновский (уже с польско-украинским оттенком). В словаре Б. Унбегауна Прунов упоминается как фамилия от прозвища, образованного от глагола «прунить», что подтверждает основную версию.