Фамилия Пруненко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины. В XVI–XVII веках этот суффикс был основным способом образования фамилий в казацкой среде, обозначая «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище лежало в основе. То есть Пруненко — это буквально «сын Пруня» или «маленький Прунь».

Основа фамилии — Прунь. Это слово многозначное, и здесь возможны два основных варианта происхождения. Первый и самый вероятный: Прунь — это усечённая форма имени Прокофий (в народном произношении Прокоп, Прокофий, отсюда же Прокопенко). В украинском языке имя Прокофий могло сокращаться до Прунь через ряд фонетических изменений: Прокофий → Прокунь → Прунь. Такое усечение с заменой корня встречается во многих фамилиях: скажем, от имени Григорий получали Гринь, а от Прокофия — Прунь. Вторая версия, менее распространённая, связывает Прунь с диалектным словом «прун» — так в некоторых говорах называли прут, ветку или даже колючку. Тогда прозвище Прунь мог получить человек с острым, колким характером или худощавого телосложения.

География фамилии подтверждает её украинские корни. Пруненко встречается в основном в центральных и восточных областях Украины — Полтавской, Черкасской, Харьковской, а также в южных регионах, где исторически селились казаки. В России фамилия редкая и, скорее всего, появилась в результате миграций XIX–XX веков. Интересно, что фамилия не имеет «русского» варианта с суффиксом -ов (Пруненков), что говорит о её устойчивости именно в украинской среде.

Сословная принадлежность предков Пруненко, скорее всего, — казаки или крестьяне. В реестрах Войска Запорожского встречаются похожие фамилии (Прунь, Пруненко), но конкретных исторических документов с этой фамилией до XVIII века не сохранилось. Поскольку суффикс -енко массово закреплялся за фамилиями в XVII веке, можно предположить, что первый носитель жил не позже середины XVII столетия и был связан с казацкой общиной.