Фамилия Перуненко звучит необычно и сразу вызывает ассоциацию со славянским языческим божеством Перуном. Однако, в отличие от фамилий вроде Перунов или Перуновский, здесь работает другая словообразовательная модель. Суффикс -енко характерен для украинской ономастики и указывает на происхождение от личного прозвища или имени, оканчивающегося на согласный. В данном случае основа — «Перун», а -енко — типичный украинский патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». То есть Перуненко — это буквально «сын Перуна» или «потомок человека по прозвищу Перун».

Прозвище Перун в народной среде могло возникнуть не напрямую от имени бога, а по сходству с его атрибутами. Так могли прозвать человека громогласного, вспыльчивого, с тяжелым характером, либо того, кто выделялся физической силой и мощью. В некоторых говорах «перун» означало «гром», «молния», так что прозвище могло закрепиться за человеком, который, например, быстро и неожиданно приходил в ярость. Также не исключено, что основой послужило дохристианское личное имя Перун — такие имена в честь языческих божеств изредка встречались в древнерусской среде, хотя церковь их не приветствовала.

Фамилия Перуненко распространена прежде всего в Украине, особенно в центральных и северных областях, где были сильны традиции казачества и сохранялась память о языческих корнях. Встречается она и на юге России, в регионах, граничащих с Украиной, куда фамилия попала вместе с переселенцами. В XIX веке носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и казаков, реже — среди мещан. Интересно, что в некоторых переписях фамилию записывали с удвоенной «н» — Перунненко, что могло быть ошибкой писаря или попыткой подчеркнуть ударение на втором слоге.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Перунов — чисто русская форма, указывающая на принадлежность (чей? — Перунов), а Перуненко — украинская, подчеркивающая родство по отцу. В польской традиции существовала фамилия Перуньский, но она образована от топонима. Перуненко же остается ярким примером того, как древнее языческое имя или прозвище, пройдя через века, закрепилось в виде фамилии в крестьянской среде, избежав церковного влияния.