Фамилия Перуновский образована от аналогичного прозвища, которое восходит к названию местности Перуново, расположенной в Алтайском крае, или села Перун, расположенного на Украине. Вероятно, такие названия связаны с именем древнего славянского бога грома и молнии Перуна. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» дает такое описание Перуна: «это высокий, плечистый головач, черноволос, черноглаз, борода золотая, в правой руке лук, в левой колчан со стрелами; он ездит по небу в колеснице, пускает огненные стрелы».