Фамилия Прунина — женская форма, а в основе лежит мужская Прунин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь корень — Прун- (или Пруня). Сразу бросается в глаза, что фамилия редкая: в ней нет ни отчества на -ов/-ев, ни географического суффикса -ский. Это указывает на прозвищное или, реже, крестильное происхождение.

Самое вероятное объяснение — от прозвища Пруня. В русских говорах «прун» или «пруня» могло означать нечто надутое, пухлое, либо медлительного, неповоротливого человека. Сравните с диалектным «прунеть» — толстеть, пухнуть. В этом случае Пруней в крестьянской среде могли прозвать полного ребёнка или взрослого с крупной фигурой. Меньше шансов у версии, связывающей фамилию с именем Прун (редкая форма от Прокофий или Пруденций): такие уменьшительные встречались, но не массово.

Суффикс -ин чётко указывает на принадлежность: Прунин — сын Пруни. Это типичная модель для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин особенно распространены. Встретить Пруниных можно было в Тверской, Ярославской, Вологодской губерниях, но без массового скопления в одном уезде — фамилия оставалась штучной.

Обратите внимание на ударение: в большинстве случаев оно падает на первый слог — Пру́нина. Если же ударение на последний — Прунина́, это может указывать на украинский или белорусский след (там фамилии на -ин часто сохраняли ударение основы, но могли смещать). Впрочем, для русской ономастики вариант Пру́нин — основной.

Интересная деталь: фамилия Прунин не встречается в боярских или дворянских родословных. Она осталась в крестьянской и мещанской среде, что подтверждает её прозвищный, бытовой характер. Если ваш предок носил такую фамилию, он, скорее всего, был простым человеком, получившим прозвище за внешность или характер, а не за профессию или место жительства.