Фамилия Прун — редкий случай, когда основа настолько короткая, что её легко принять за иноязычное заимствование. На слух она напоминает немецкое или французское слово, но в русской ономастике у неё своя, вполне славянская история.

Словообразовательная модель фамилии проста: это чистая основа без суффикса. В русской традиции фамилии без суффиксов (-ов, -ин, -ский) встречаются нечасто и обычно указывают на украинское, белорусское или южнорусское происхождение. В украинском языке такие формы — норма: Прун, Прунь, Пруненко. Сама основа «прун» восходит к глаголу «пру́ти» (устар. «расти, пробиваться») или к диалектному слову «прун» — молодой побег, росток, отросток. В некоторых говорах так называли упрямого, настырного человека, который «прёт» напролом. Прозвище Прун могли дать либо за характер (упрямец), либо за внешность (высокий, худой, как побег).

Есть и вторая, менее очевидная версия. В западных регионах (Польша, Беларусь) фамилия могла возникнуть от польского «prun» — слива (ср. «śliwka»). В этом случае Прун — прозвище садовода, торговца фруктами или просто человека, жившего у сливового сада. Однако эта версия спорна: в польских фамилиях чаще встречается форма «Prun» с ударением на первый слог, а в русской традиции ударение плавает.

Географически фамилия Прун встречается в основном на Украине (особенно в Черниговской и Полтавской областях) и в приграничных областях России (Брянская, Курская). В центральной России она редка, что подтверждает её южное происхождение.

Сословная принадлежность носителей фамилии не фиксировалась в дворянских родословных книгах — Пруны, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дореволюционных переписях фамилия почти не встречается за пределами Малороссии, что делает её локальной и узнаваемой именно в этом регионе.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Прунов, Прунцев, Пруненко), то вариант Прун — самый древний по форме, без суффикса, что говорит о раннем закреплении прозвища как фамильного имени. В отличие от Прунова, который мог появиться позже под влиянием великорусской модели на -ов, Прун сохранил архаичную южнорусскую структуру.