Фамилия Прунтов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Самая вероятная версия связывает её с диалектным словом «прунт», которое в некоторых русских говорах означало прут, хворостину или тонкую ветку. В этом случае Прунтов — это человек, получивший прозвище от внешности (высокий и худой, «длинный как прут») или от занятия, связанного с плетением из лозы и прутьев (корзинщик, плетельщик). Модель образования типична для русских фамилий: основа на твёрдый согласный принимает суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Прунта).

Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию из немецкого языка. В немецком «Prunt» — это искажённое «Brunt» или «Brund», связанное с корнем, означающим «огонь», «жар» (сравните с английским «burn»). Такая фамилия могла попасть в Россию вместе с переселенцами-немцами в XVIII–XIX веках и обрусела, сменив окончание на -ов. Однако эта гипотеза слабее, так как фамилия Прунтов встречается преимущественно в центральных и южных областях России, где немецкое влияние было незначительным, а диалектная лексика — очень сильной.

Интересная деталь: фамилия Прунтов стоит в одном ряду с более частыми однокоренными — Прутков, Прутов. Разница в суффиксе (-ов против -к-ов) может указывать на разную степень прозвищности: Прутков — от «пруток» (маленький прут), а Прунтов — от более грубого или местного варианта «прунт». Географически фамилия тяготеет к Курской, Воронежской и Тамбовской областям — регионам, где активно бытовало диалектное слово «прунт» в значении «прут» или «хлыст».

Сословная принадлежность предков Прунтовых не зафиксирована в дворянских родословных книгах, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В архивных записях XIX века Прунтовы встречаются среди государственных крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные границы.