Фамилия Пруцков происходит от прозвища Пруцок, которое, в свою очередь, связано с диалектным словом «пруц». В некоторых русских говорах так называли брус, то есть обтесанное, ровное бревно. Если взять это за основу, то прозвище Пруцок могло иметь два значения: либо относиться к человеку крепкому, плотному, «как брус», либо указывать на его ремесло. Вероятнее всего, перед нами «профессиональное» именование — так могли прозвать строителя или плотника, человека, который постоянно работал с брусом. Поэтому потомки человека с прозвищем Пруцок и получили фамилию Пруцков.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе Пруц- добавляется уменьшительный суффикс -ок, а затем фамильный суффикс -ов. Получается цепочка: Пруц → Пруцок → Пруцков. Такая схема часто встречается в русской ономастике: сначала человека называли по какому-то признаку или занятию в уменьшительной форме, а потом это прозвище закреплялось за его детьми уже как фамилия.

Стоит заметить, что фамилия Пруцков не единственная в этом ряду. У неё есть очевидные «родственники» — фамилии Пруцкий, Пруцких, Пруцковский. Они образованы от той же основы, но с другими суффиксами, что говорит о разных региональных традициях или о том, что прозвище Пруц было довольно распространено в разных местностях. Сама фамилия Пруцков звучит скорее как севернорусская или сибирская, где плотницкое дело было особенно развито и где диалектное слово «пруц» могло бытовать в живой речи.

Точное место и время возникновения фамилии Пруцков сейчас назвать сложно. Процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские фамилии, к которым, скорее всего, относится и эта, закрепились в большинстве случаев только к XVIII–XIX векам. Однако сама основа фамилии — прозвище Пруцок — могла возникнуть значительно раньше, ещё в XVI–XVII веках, когда прозвища активно использовались в быту наряду с именами.