Фамилия Пружанские — типичный пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ск-. Такие фамилии в старину часто получали дворяне по названию своих поместий, а также выходцы из определённой местности, которые переселялись в другие края. Основа здесь — Пружаны. Это название города в Брестской области Беларуси (Пружаны) или, реже, одноимённого села на Волыни. Таким образом, первый носитель фамилии был либо владельцем земель в тех краях, либо просто человеком, который переехал оттуда и получил прозвание «пружанин» или «пружанский».

Суффикс -ск- в русской и польской ономастике указывает на принадлежность к чему-либо или происхождение. Важно, что фамилия Пружанские имеет окончание множественного числа, что характерно для польских дворянских фамилий (по-польски — Prużańscy). В России такую форму часто сохраняли, когда речь шла о целом роде или семье. Поэтому исторически Пружанские — это, скорее всего, шляхетский род польско-литовского происхождения, осевший в пределах Российской империи после разделов Речи Посполитой.

Сам топоним Пружаны имеет несколько версий происхождения. Наиболее правдоподобная связывает его с рекой Пружа или Пружанка, в названии которой видят балтский корень, означающий «мутная» или «грязная» вода. Менее убедительна версия о связи с немецким «прусский» (Preußen) — она возникла из-за созвучия, но исторически Пружаны никогда не входили в прусские земли. Также есть народная этимология, возводящая название к слову «пружина» (от ключей-родников), но лингвисты её не поддерживают.

В сословном отношении фамилия Пружанские не была исключительно дворянской. После отмены крепостного права её могли получить и крестьяне, переселившиеся из Пружанского уезда Гродненской губернии в другие регионы. Встречается она и у еврейского населения — как вариант адаптации местечкового прозвища по месту жительства (в идише фамилия могла звучать как Пружанер). Однако именно форма на -ские с окончанием -ие чаще всего указывает на польскую или белорусскую шляхту, а не на крестьян или мещан.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пружанские стоят особняком. Есть фамилия Пружанин (без суффикса -ск-), которая прямо называет жителя Пружан, и Пружанский (в единственном числе). Форма Пружанские — более архаичная, родовая. В дореволюционных документах можно встретить написание через «о» — Пружанскій, но это лишь особенность дореформенной орфографии, а не другой корень. Сегодня фамилия встречается нечасто, в основном в Беларуси, западных областях Украины и среди потомков эмигрантов первой волны.