Фамилия Пруженков образована от прозвища или мирского имени Пруженок. Основа здесь — слово «пруг» или «пружок», которое в русских говорах имело несколько значений. Чаще всего так называли упругого, плотного, крепкого человека — того, кто «пружинит», не гнётся под обстоятельствами. Второе возможное значение — ремесленное: пружками называли пружины, проволочные скобы или детали в кузнечном и слесарном деле. Мастер, делавший такие пружки, мог получить прозвище Пруженок, а его потомки — фамилию Пруженковы.

Суффикс -ок в основе указывает на уменьшительную или прозвищную форму: Пруженок — «маленький пружок» либо сын Пруга. А суффикс -ов в окончании фамилии — стандартный патронимический, то есть «чей?» — сын Пруженка. Такая модель типична для центральных и южнорусских областей: в XVI–XVII веках фамилии на -ов активно формировались из прозвищ и мирских имён.

Есть и менее вероятная версия: связь с топонимом Пруженка — название деревни или речки. В Тверской и Смоленской губерниях встречаются Пруженки, но фамилия Пруженков редка и не имеет массовой географической привязки, что говорит скорее о прозвищном происхождении. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) аналогичные формы — Пружков, Пружин — разбираются именно через ремесло или свойство характера.

В дореволюционных источниках Пруженковы фиксируются в основном среди крестьян и мещан, что типично для поздних патронимических фамилий. Никакой связи с дворянством или известными историческими родами нет — фамилия оставалась в низовых слоях, что подтверждает её прозвищное, а не книжное происхождение.